Cyber University ilmiy faoliyatini zamonaviy texnologiyalar, innovatsiyalar va axborot xavfsizligi yo‘nalishlariga yo‘naltirgan. Universitetda olib borilayotgan tadqiqotlar asosan sun’iy intellekt, mashinaviy o‘rganish, katta ma’lumotlar (Big Data) tahlili, raqamli ta’lim texnologiyalari va kiberxavfsizlik sohalarini qamrab oladi. Ilmiy izlanishlar amaliy yechimlarga qaratilgan bo‘lib, raqamli transformatsiyaga hissa qo‘shuvchi startaplar, interaktiv o‘quv platformalari, AI asosidagi xizmatlar ishlab chiqilmoqda. Shuningdek, raqamli huquq, sun’iy intellekt etikasi va IT tadbirkorlik kabi dolzarb mavzular ham tadqiqot markazida turadi. Ilmiy ishlanmalarni tijoratlashtirish, talabalar va tadqiqotchilarni jalb etish orqali universitet innovatsion ekotizimni shakllantirib bormoqda.